{"id":3332,"date":"2023-11-05T21:39:49","date_gmt":"2023-11-05T21:39:49","guid":{"rendered":"http:\/\/localhost:8000\/?p=3332"},"modified":"2024-03-25T21:54:46","modified_gmt":"2024-03-25T21:54:46","slug":"la-proteine-vs-la-ia","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/kaptech.be\/?p=3332","title":{"rendered":"La prot\u00e9ine vs la IA?"},"content":{"rendered":"\n
\"\"<\/figure>
\n

Image qu\u2019on te donne une liste de 100 acides amin\u00e9s qui forme une prot\u00e9ine. Si avec un algorithme, nous devions trouver la vraie structure de celle-ci avec le moins d\u2019\u00e9nergie parmi toutes les structures possibles, nous prendrions plus longtemps que le temps de l\u2019univers\u202f! Et cela m\u00eame si on arrive \u00e0 tester chaque configuration \u00e0 seulement une nanoseconde\u202f! Pourtant, la prot\u00e9ine se met spontan\u00e9ment sous cette forme en quelques millisecondes ou m\u00eame microsecondes. Voil\u00e0 le paradoxe de Levinthal.<\/strong><\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n

Avant de rentrer dans le vif du sujet, commen\u00e7ons par reconna\u00eetre l\u2019importance de la structure d\u2019une prot\u00e9ine. Les prot\u00e9ines sont le fondement de tous les organismes et donc de la vie sur la terre. En effet, ce sont eux qui travaillent dans les cellules, transmettre des signaux pour r\u00e9guler les tissus et les organes du corps, et bien plus. C\u2019est donc la base et connaitre les formes que les prot\u00e9ines prennent, permettrait des avancements m\u00e9dicaux astronomiques.<\/p>\n\n\n\n

\n

Mais, comme expliqu\u00e9 auparavant, cela s\u2019av\u00e8re d\u2019une difficult\u00e9 \u00e9norme. Cependant, assez r\u00e9cemment, le jeu a chang\u00e9. En effet, DeepMind, une subsidiaire du g\u00e9ant Alphabet (aka Google) \u00e0 d\u00e9velopp\u00e9 gr\u00e2ce \u00e0 de la \u201cmachine learning\u201d un programme nomm\u00e9 AlphaFold qui vise justement \u00e0 utiliser les derni\u00e8res techniques pour faire des pr\u00e9dictions de structure de prot\u00e9ines.<\/p>\n<\/div>

\"\"<\/figure><\/div>\n\n\n\n

Leur premi\u00e8re version est sortie en 2018, a \u00e9t\u00e9 class\u00e9 premier au classement g\u00e9n\u00e9ral de la 13\u1d49 \u00c9valuation critique de la pr\u00e9diction des structures (CASP), une comp\u00e9tition qui s\u2019organise tous les deux ans et qui vise a class\u00e9 les programmes de pr\u00e9dictions. Leur 2\u1d49 version (qui est tr\u00e8s diff\u00e9rente \u00e0 la 1\u02b3\u1d49) a refait cet exploit en 2020 avec un score de 90 et une pr\u00e9cision beaucoup plus haute que tous les autres groupes. Pour la comp\u00e9tition, les comparaisons se font avec des structures d\u00e9termin\u00e9es par une exp\u00e9rience en laboratoire par des techniques comme la cristallographie aux rayons X, cryomicroscopie \u00e9lectronique et r\u00e9sonance magn\u00e9tique nucl\u00e9aire. Comme les noms laissent imaginer, ces techniques sont ch\u00e8res et consomment du temps. Les r\u00e9sultats de AlphaFold sont dits aussi pr\u00e9cis que les m\u00e9thodes exp\u00e9rimentales et ont donc \u00e9t\u00e9 lourdement applaudi dans le monde scientifique pour ces avancements technologiques.<\/p>\n\n\n\n

Le nouveau programme utilise des sous-r\u00e9seaux interconnect\u00e9s dans un mod\u00e8le unifi\u00e9 bas\u00e9 sur la reconnaissance de formes. Oui, pas facile \u00e0 comprendre. Mais en quelques termes plus simples, les modules affinent progressivement les relations entre les r\u00e9sidus d’acides amin\u00e9s et les alignements de s\u00e9quences. Le processus de raffinement, qui ressemble \u00e0 l\u2019assemblage d\u2019un puzzle, se met \u00e0 jour de mani\u00e8re it\u00e9rative et filtre \u00e0 chaque fois les donn\u00e9es pertinentes.<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure>
\n

En opposition a son pr\u00e9d\u00e9cesseur, la physique locale est appliqu\u00e9e uniquement comme \u00e9tape de raffinement final, en ajustant l\u00e9g\u00e8rement la structure pr\u00e9dite.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n

La compagnie a maintenant pr\u00e9dit les structures de 200 millions de prot\u00e9ines \u2014 presque tous ceux connus dans le monde. De plus, ils ont ouvert leurs r\u00e9sultats au public qui peut rechercher la prot\u00e9ine qu\u2019il veut dans la base de donn\u00e9e. “Cela change la donne”, d\u00e9clare Andrei Lupas, biologiste \u00e9volutionniste \u00e0 l’Institut Max Planck de biologie du d\u00e9veloppement \u00e0 T\u00fcbingen, en Allemagne. Et d\u2019autre affirme que, m\u00eame si le syst\u00e8me n\u2019est pas parfait, le probl\u00e8me des structures de prot\u00e9ines est en quelque sorte r\u00e9solue. Il n\u2019y donc aucun doute que cette technologie a permis une \u00e9tape r\u00e9volutionnaire dans la compr\u00e9hension de la biologie.<\/p>\n\n\n\n

Jean-Luc pour le KapTech \ud83d\udd25<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Image qu\u2019on te donne une liste de 100 acides amin\u00e9s qui forme une prot\u00e9ine. Si avec un algorithme, nous devions trouver la vraie structure de celle-ci avec le moins d\u2019\u00e9nergie parmi toutes les structures possibles, nous prendrions plus longtemps que le temps de l\u2019univers\u202f! Et cela m\u00eame si on arrive \u00e0 tester chaque configuration \u00e0… Read More »La prot\u00e9ine vs la IA?<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":3333,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"neve_meta_sidebar":"","neve_meta_container":"","neve_meta_enable_content_width":"","neve_meta_content_width":0,"neve_meta_title_alignment":"","neve_meta_author_avatar":"","neve_post_elements_order":"","neve_meta_disable_header":"","neve_meta_disable_footer":"","neve_meta_disable_title":"","_themeisle_gutenberg_block_has_review":false,"footnotes":""},"categories":[11],"tags":[],"class_list":["post-3332","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-2023-24"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/3332","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=3332"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/3332\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3337,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/3332\/revisions\/3337"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/media\/3333"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=3332"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=3332"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/kaptech.be\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=3332"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}